Музей, основанный в 1946 году, является самым большим в Польше и одним из немногих в мире, такого рода музеев. С 1991 года он открыт не только для специалистов, но и для большого количества посещающих его туристов. Согласно сегодняшнему статусу Музей фармации является также самостоятельным дидактико-научным учреждением, который подчиняется непосредственно декану фармацевтического факультета университета.