Когда в 1364 году король Казимир Великий основал Studium Generale, таково было тогда официальное название университета в Кракове, оно состояло из трех факультетов: свободных искусств, медицинских наук и юриспруденции. В настоящее время в Ягеллонском университете работает 16 факультетов.
В структуре Ягеллонского университета есть три медицинских факультета, которые были заново присоединены к университету в 1993 году и объединены в т.н. Collegium Medicum.
- Факультет права и администрации
- Медицинский факультет
- Фармацевтический факультет
- Факультет наук о здоровье
- Философский факультет
- Исторический факультет
- Филологический факультет
- Факультет полонистики
- Факультет физики, астрономии и прикладной информатики
- Факультет математики и информатики
- Химический факультет
- Факультет биологии
- Факультет управления и социальной коммуникации
- Факультет международных и политических исследований
- Факультет биохимии, биофизики и биотехнологии
- Факультет географии и геологии