Органы университета – Ученый совет и Ректор.

В состав Ученого совета входят: возглавляющий его Ректор, проректоры, деканы, а также другие представители, выбранные среди:

• преподавателей, имеющих научное звание или научную степень доктора наук,
• остальных университетских преподавателей,
• самоуправления студентов,
• самоуправления аспирантов,
• сотрудников университета, не являющихся университетскими преподавателями.

Ректор занимает в университете самую высокую должность и обладает почтенным званием "Magnificencja" (Его превосходительство). Ректор руководит университетом и является его внешним представителем. С 1 сентября 2020 года пост этот занимает проф. д-р гум. наук Яцек Попел.

На время своего отсутствия ректор передает свои полномочия по руководству деятельности университета и роль внешнего представителя одному из проректоров. В срок полномочий 2020-2024 ими являются:

• проф. Томаш Гродзицки, проректор по вопросам Collegium Medicum (медицинского факультета),
• проф. Дорота Малец, проректор по вопросам международного сотрудничества,
• проф. Армен Эдигарян, проректор по дидактике,
• проф. Ярослав Гурняк , проректор по развитию,
• проф. Пётр Едынак, проректор по вопросам финансовой и кадровой политики,
• проф. Пётр Кусьтровски, проректор по научным исследованиям.