Ягеллонский университет считается одним из лучших высших учебных заведений в Польше. Занимает также высокое место в европейских рейтингах и является одинм из двух польских вузов, которые в данный момент включены в «Шанхайский рейтинг», сравнивающий лучшие высшие учебные заведения мира.

Свою репутацию в мире Университет выстраивает путем укрепления уровня распознаваемости учебного заведения, как исследовательского центра, развития международного сотрудничества и академического обмена. Имеет самую развлетвленную сеть международных соглашений и стипендиальных программ. В 2014 году в Ягеллонском университете осуществлялись 124 проекта, в рамках которых было налажено сотрудничество с 405 зарубежными научными учреждениями. Учебное заведение заключило многие соглашения с ведущими академическими центрами в г. Москва, Санкт-Петербург, Архангельск, Хабаровск, Иркутск, Домодедово, Казань, Симферополь, Киев, Львов, Черкассы, Харков, Черновцы, Ивано-Франковск, Винница, Одесса, Тарнополь, Минск и Гродно.