Отвечая на глобализационные процессы, формирующие картину современного мира, Ягеллонский университет заключил многие международные договора о сотрудничестве с высшими учебными заведениями всего мира.
Учебное заведение осуществляет сотрудничество с ведущими академическими центрами Восточной Европы. В рамках заключенных договоров, возможным является обмен научных работников, студентов или аспирантов.