Ягеллонский центр разработки лекарственных средств (Jagiellonian Centre for Experimental Therapeutics – JCET) является интердисциплинарным академическим центром исследования и разработки лекарственных средств. Для Центра, особое значение имеет поиск оригинальных эндотелиальных лекарственных средств, в пределах исследований, оценивающих в полном плане, воздействие химических соединений на: эндотелий, стенку кровеносных сосудов и кровеносную систему. Работы, проводимые в JCET, являются с одной стороны основанием для поисков инновационных фармакотерапевтических механизмов, а с другой стороны – употребляются для оценки безопасности воздействия лекарственных средств на кровеносную систему.

Малопольский центр биотехнологии был основан, как проект, целью которого является создание интердисциплинарного исследовательского центра, дающего возможность проводить комплексные исследования на разных уровнях функционирования организма. Малопольский центр биотехнологии состоит из шести центров о дифференцированных, но взаимодополняющих исследовательских тематиках, а также из пяти лабораторий независимых исследовательских групп. Пределы научной деятельности Малопольского центра биотехнологии (биотехнология, инфекционные заболевания, безопасность пищевых продуктов, структурная биология, нутригеномика, нейробиология и биоинформатика) входят в состав тематической группы «Bio», которая является одним из четырех стратегических направлений в области исследований и развития технологий в Польше.

Национальный центр синхротронного излучения SOLARIS строит в г. Кракове первый в Польше синхротрон, те есть мультидисциплинарную исследовательскую установку, которая многим отраслям науки, таким, как: биология, химия, физика, инженерия материалов, медицина, фармакология, геалогия или кристаллография, откроет новые возможности. Будет новейшей установкой данного типа, генерирующей электромагнитное излучение (начиная с инфракрасного излучения по рентгеновское излучение), уникальные возможности которой, позволяют заглянуть в глубину материи и провести точные анализы.

Центр инновации, трансфера технологий и развития университета (CITTRU) является подразделением Ягеллонского университета, задача которого состоит в поддержке современной науки путем формирования портфеля технологических предложений ЯУ, а также налаживании сотрудничества с бизнесом. Важнейшие проекты и пределы активности CITTRU – правовая защита инноваций ЯУ, координирование порученных исследований, обучение, консалтинг. Намерения CITTRU сосредотачиваются на расширении портфеля технологических предложений, а также на осуществлении внедрения на рынок проектов, по которым работает Секция по инновациям.

Целью, осуществляемого с января 2012 года, Проекта OMICRON является создание центра продвинутых молекулярных технологий высокой продуктивности на Медицинском факультете Collegium Medicum Ягеллонского университета, который будет пользоваться новыми технологиями в молекулярной биологии, генетических исследованиях и белковых анализах. Положения проекта включают, между другими, приобретение современного исследовательского оборудования, прием на работу квалифицированных научных работников, а также обмен знаний между Collegium Medicum и его зарубежными партнерами.