Начиная с астрофизики и кардиохирургии, по биотехнологию, историю искусства и защиту культурного наследия – Ягеллонский университет может похвастаться исследованиями и научными достижениями мирового уровня.

Лаборатории Ягеллонского университета являются одними из лучше оснащённых в Польше. Именно в них создаются клетки человеческой кожи, используемые при лечении обширных ожогов. Исследовательская команда HEART, к которой принадлежит учёный, вошедший в список Форбс «30 молодых европейских лидеров в своей области», работает над «картой человеческого сердца», чтобы создать точную модель этого органа, а также более детально изучить строение сердечной мышцы.

Метод энтропийного кодирования ANS, разработанный на факультете математики и информатики, изменил способ обработки информации компьютерами. Сегодня он уже используется устройствами Apple и серверами Facebook. В настоящее время многие IT-компании работают над его использованием в новом формате JPEG XL, который в ближайшем будущем произведёт революцию в области хранения цифровых данных.

Астрономы из Ягеллонского университета принимают участие в международном проекте новой радиокарты небосвода, которая только в этом году выявила сотни тысяч неизвестных до этого времени галактик, открывая новые перспективы во многих областях исследований, в том числе в области физики чёрных дыр и эволюции скоплений галактик. Исследовательская группа из Астрономической обсерватории Ягеллонского университета создала компьютерную программу, которая впервые обнаружила межзвездную комету, пронизывающую нашу Солнечную систему. В этом году группе молодых исследователей из Кракова, в том числе студентам Ягеллонского университета, удалось отправить в космос первый спутник, использующий ферромагнитную жидкость для управления ориентацией.

Исследовательский проект, проводимый в Институте психологии Ягеллонского университета, подвергает научному изучению одну из важнейших проблем современного мира – влияние загрязнения воздуха на развитие мозга детей, рассматривая её с разных точек зрения: моделирования загрязнения атмосферного воздуха, детской психологии, нейровизуализации и эпидемиологии. Институт геологии Ягеллонского университета начал исследования, касающиеся глобальной проблемы присутствия микропластика в воздухе и его влияния на организм человека.

Институт зоологии и биомедицинских исследований Ягеллонского университета в настоящее время осуществляет научный проект, направленный на изучение благоприятных последствий городских цветочных лугов для насекомых, борющихся с антропогенным воздействием на окружающую среду. Метод фиторемедиации, использующий растения для решения проблем, связанных с загрязнением окружающей среды, является немаловажной областью исследований Факультета биохимии, биофизики и биотехнологии Ягеллонского университета. В то же время исследовательская группа по вопросам поведенческой экологии Ягеллонского университета работает над решением проблемы глобального сокращения численности пчёл, при поддержке Ботанического сада Ягеллонского университета, в котором была создана университетская пасека, где на данный момент обитает около 400 тысяч пчёл в 25 ульях.

Ягеллонский университет является важным центром стилометрических исследований в рамках проекта «Цифровая исследовательская инфраструктура для гуманитарных и художественных наук». Исследователи литературы из Ягеллонского университета используют вычислительные методы для определения автора текста или хронологии литературного произведения. В настоящее время они занимаются анализом языка американских колониальных проповедей XVIII века. Кроме того, Лаборатория психологии языка и многоязычия ведёт обширные исследования билингвизма и многоязычия и их влияния как на повседневную социальную жизнь, так и на развитие мозга.

Институт этнологии и культурной антропологии Ягеллонского университета является членом международного консорциума HERILIGION, объединяющего учёных, занимающихся социальным аспектом культурного наследия и управления культурным наследием.

Национальный центр синхротронного излучения SOLARIS, действующий при Ягеллонском университете, единственный в Центральной Европе. Он предлагает широкий спектр современных методов исследования, как в области фундаментальных, так и прикладных исследований, в таких областях как катализ, биомедицинская инженерия, наноматериалы, фармакология и геология. В рамках SOLARIS был создан Национальный центр электронной криомикроскопии, использующий новейший электронный криомикроскоп, который позволит польским исследователям войти в группу мировых лидеров в области структурной биологии.